Για τη βελτίωση της λειτουργίας του Τμήματος και τον εντοπισμό δυσλειτουργιών, έχει τεθεί σε λειτουργία από το ακαδημαϊκό έτος 2012-2013 υπηρεσία ηλεκτρονικής υποβολής παραπόνων και υποδείξεων, μέσω της ιστοσελίδας του Τμήματος Οικονομικών Επιστημών στον σύνδεσμο.
Η υποβολή παραπόνου/υπόδειξης γίνεται μόνο επώνυμα προς τον Πρόεδρο του Τμήματος, ενώ ανάλογα με τη σοβαρότητα του θέματος λαμβάνει γνώση και η Συνέλευση του Τμήματος. Για το λόγο αυτό, πριν από την υποβολή, χρειάζεται να δοθούν τα διαπιστευτήρια του χρήστη από την Υπηρεσία Καταλόγου, δηλαδή η διεύθυνση του ηλεκτρονικού ταχυδρομείου στο Πανεπιστήμιο Κρήτης και ο σχετικός κωδικός.
Η φόρμα υποβολής του παραπόνου περιέχει μια σειρά θεμάτων και ένα χώρο για σύντομη ανάπτυξη του προβλήματος. Αν ο χρήστης δεν καλύπτεται από τα δεδομένα θέματα, μπορεί να διαλέξει την κενή επιλογή και να συμπληρώσει ο ίδιος το θέμα που τον απασχολεί. Με την ολοκλήρωση της διαδικασίας αποστέλλεται μήνυμα ηλεκτρονικού ταχυδρομείου προς τον Πρόεδρο και τη Γραμματέα του Τμήματος