Το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης οργανώνει διδακτορικές σπουδές και απονέμει Διδακτορικό Δίπλωμα στην Οικονομική Επιστήμη, σύμφωνα με τις ισχύουσες διατάξεις.
Οι Διδακτορικές Σπουδές στο Τμήμα Οικονομικών Επιστημών εμβαθύνουν τη σπουδή στο αντικείμενο της Οικονομικής Επιστήμης. Στρατηγικός στόχος τους είναι η εξειδίκευση και η εκπαίδευση επιστημόνων-ερευνητών στο ευρύτερο γνωστικό πεδίο της Οικονομικής Επιστήμης, και μέσω αυτής η προώθηση της οικονομικής έρευνας στη χώρα μας συμβάλλοντας έτσι στην ποιοτική αναβάθμισή της. Πιο συγκεκριμένα, στόχος είναι η επιστημονική συνεισφορά στην πολύπλευρη ανάλυση των ζητημάτων που εστιάζονται σε θέματα οικονομικής ανάλυσης, εφαρμοσμένης οικονομικής, ποσοτικών μεθόδων, πολιτικής οικονομίας, οικονομικής ιστορίας και οικονομικής πολιτικής. Επιπρόσθετα, η εκπόνηση διδακτορικής διατριβής και η απονομή Διδακτορικού Διπλώματος, έχει στόχο να παρέχει στους κατόχους του τις υψηλού επιπέδου δεξιότητες που είναι απαραίτητες ώστε να εργαστούν ως διδάσκοντες και ερευνητές σε Πανεπιστήμια, ΤΕΙ και Ερευνητικά Κέντρα της ημεδαπής ή της αλλοδαπής, ως εκπαιδευτικοί με αυξημένα προσόντα, ως επιστημονικοί σύμβουλοι και ως στελέχη Δημόσιων και Ιδιωτικών Επιχειρήσεων και Οργανισμών.