Στο Τμήμα λειτουργεί από το ακαδημαϊκό έτος 2002-03 (Υπουργική Απόφαση: Β7/441, Φ.Ε.Κ. 44/22-1-2002, Τ. Β) Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στην Οικονομική Θεωρία και Πολιτική. Η συνολική διάρκεια του προγράμματος για σπουδές πλήρους φοίτησης είναι τρία εξάμηνα. Το πρόγραμμα όμως προσφέρει τη δυνατότητα μερικής φοίτησης με συνολική διάρκεια τα πέντε εξάμηνα. To 2018 έγινε επανίδρυση του Π.Μ.Σ (Νόμος 4485/2017, Φ.Ε.Κ. 1525/04-05-2018, Τ.Β)

Το Πρόγραμμα στόχο έχει την εξειδίκευση των φοιτητών σε θέματα Οικονομικής Ανάλυσης και Πολιτικής, λαμβάνοντας υπόψη το ανθρώπινο δυναμικό που στελεχώνει το Τμήμα. Έρχεται να θεραπεύσει τις ανάγκες σε προσφορά εκπαιδευτικού και ερευνητικού έργου υψηλής στάθμης από πλευράς των μελών Δ.Ε.Π. του Τμήματος και, παράλληλα, να ικανοποιήσει τη ζήτηση για μεταπτυχιακές σπουδές στις Οικονομικές Επιστήμες στην Ελλάδα. Το Τμήμα είναι δέκτης τέτοιων αιτημάτων όχι μόνο από Έλληνες φοιτητές αλλά και από φοιτητές του εξωτερικού. 

Ο χαρακτήρας του Προγράμματος προβάλλει την αναγκαιότητας μιας πολύπλευρης ανάλυσης των ζητημάτων που εστιάζονται σε θέματα Οικονομικής Ανάλυσης και Πολιτικής. Βασικός στόχος είναι οι φοιτητές του Προγράμματος να διευρύνουν τις γνώσεις τους ως προς:

• τα θεωρητικά εργαλεία με σκοπό την κατανόηση των προβλημάτων της οικονομικής ανάλυσης
• τις πρακτικές ικανότητες σχεδιασμού και εφαρμογής οικονομικής και κοινωνικής πολιτικής, καθώς
• τα μεθοδολογικά εργαλεία εξειδίκευσης της εφαρμογής των οικονομικών προγραμμάτων